始建于1975年，包含光明院區(qū)、福田院區(qū)、針灸醫(yī)院和科教中心“一院四區(qū)”，下屬機(jī)構(gòu)有深圳市中醫(yī)藥研究所、深圳市國(guó)際中醫(yī)藥人才培訓(xùn)中心深圳市中藥制劑中心。醫(yī)院于1995年成為三級(jí)甲等中醫(yī)醫(yī)院: 1998年成為廣州中醫(yī)藥大學(xué)首家非直屬附屬醫(yī)院2012年成為廣州中醫(yī)藥大學(xué)第四臨床醫(yī)學(xué)院; 2019年成為南京中醫(yī)藥大學(xué)附屬深圳醫(yī)院。